System Center 2012 Configuration Manager, introduce un’infrastruttura unificata che permette di gestire tutti i dispositivi degli utenti (mobili, fisici e virtuali).

Application Management: Questa versione introduce una gestione completa del ciclo di vita del software, è possibile definire regole per identificare se il software è installato sui client, definire dei prerequisiti e scegliere il meccanismo di distribuzione più consono a seconda della connessione utilizzata, ad esempio posso effettuare un’installazione locale, in streaming  tramite Application Virtualization o tramite un presentation server. 

Tramite l’integrazione con Citrix XenApp, anche gli utenti con device non-Windows possono accedere alle applicazioni fornite da Configuration Manager.

Application self-service: Configuration Manager permette agli utenti il self-provisioning delle applicazioni tramite un catalogo Web. Il processo è gestito in modalità automatica o previa autorizzazione da parte dell’amministratore.